A Academia deverá estimular a formação dos Departamentos de Subespecialidades, com a finalidade de promover reuniões cientificas sobre temas específicos com neurocirurgiões que se dedicam à área e com outras especialidades que se relacionam com a neurocirurgia a exemplo:
- Departamento de Coluna Vertebral/Doenças Degenerativas - Coordenador: Eduardo Jorge Cury Filho (SP)
- Departamento de Hidrodinâmica Liquôrica e Fluidos Cerebrais - Coordenador: Carlos Vinicius Motta de Melo (CE)
- Departamento de Neoplasias e Metástases Encefálicas - Coordenador: Marcos Vinicius Calfatt Maldaun (SP)
- Departamento de Nervos Periféricos - Coordenadora: Marjeane Cristina Jaques Hockmuller (RS)
- Departamento de Coluna/Tumores
- Departamento de Funcional - Coordenador: Albedy Moreira Bastos
- Departamento de Endovascular - Coordenador: Marcio Francisco Lehman (PR)
- Departamento de Robótica - Coordenador: Marcelo Batista Chioato dos Santos (MG)
- Departamento de Trauma Craniano - Coordenador: Carlos Umberto Pereira (SE)
- Departamento de Neurointensivismo - Coordenador: Rodrigo Moreira Faleiro (MG)
- Departamento de Base do Crânio
- Departamento de Ensino e Intercâmbios - Coordenador: Kristofer Ramina (PR)
- Departamento de Vascular - Coordenador: Jean Gonçalves de Oliveira (SP)
- Departamento de Endoscopia - Coordenador: Matheus Dal Fabro (SP)
- Departamento de Infantil - Coordenador: Carlos Eduardo Barros Jucá (CE)
- Departamento de Hipófise - Coordenador: Samuel Tau Zymberg (SP)
- Departamento de Coluna Minimamente Invasiva - Coordenador: Paulo Sérgio Teixeira de Carvalho (RJ)
- Departamento de Epilepsia - Coordenador: José Augusto Burattini (SP)
- Departamento de Ligas Acadêmicas - Coordenador: André Giacomelli Leal (PR)
