A Academia deverá estimular a formação dos Departamentos de Subespecialidades, com a finalidade de promover reuniões cientificas sobre temas específicos com neurocirurgiões que se dedicam à área e com outras especialidades que se relacionam com a neurocirurgia a exemplo:

1. Departamento de Coluna Vertebral/Doenças Degenerativas - Coordenador: Eduardo Jorge Cury Filho (SP)
   
2. Departamento de Hidrodinâmica Liquôrica e Fluidos Cerebrais - Coordenador: Carlos Vinicius Motta de Melo (CE)
   
3. Departamento de Neoplasias e Metástases Encefálicas - Coordenador: Marcos Vinicius Calfatt Maldaun (SP)
   
4. Departamento de Nervos Periféricos - Coordenadora: Marjeane Cristina Jaques Hockmuller (RS)
   
5. Departamento de Coluna/Tumores
   
6. Departamento de Funcional - Coordenador: Albedy Moreira Bastos
   
7. Departamento de Endovascular - Coordenador: Marcio Francisco Lehman (PR)
   
8. Departamento de Robótica - Coordenador: Marcelo Batista Chioato dos Santos (MG)
   
9. Departamento de Trauma Craniano - Coordenador: Carlos Umberto Pereira (SE)
   
10. Departamento de Neurointensivismo - Coordenador: Rodrigo Moreira Faleiro (MG)
    
11. Departamento de Base do Crânio
    
12. Departamento de Ensino e Intercâmbios - Coordenador: Kristofer Ramina (PR)
    
13. Departamento de Vascular - Coordenador: Jean Gonçalves de Oliveira (SP)
    
14. Departamento de Endoscopia - Coordenador: Matheus Dal Fabro (SP)
    
15. Departamento de Infantil - Coordenador: Carlos Eduardo Barros Jucá (CE)
    
16. Departamento de Hipófise - Coordenador: Samuel Tau Zymberg (SP)
    
17. Departamento de Coluna Minimamente Invasiva - Coordenador: Paulo Sérgio Teixeira de Carvalho (RJ)
    
18. Departamento de Epilepsia - Coordenador: José Augusto Burattini (SP)
19. Departamento de Ligas Acadêmicas - Coordenador: André Giacomelli Leal (PR)