A Academia estimula a formação dos Departamentos de Subespecialidades, com a finalidade de promover reuniões cientificas sobre temas específicos com neurocirurgiões que se dedicam à área e com outras especialidades que se relacionam com a neurocirurgia.
Departamentos de Subespecialidades
Departamento de Neurocirurgia Vascular
Paulo Henrique Pires de Aguiar (SP) / Feres Chadad (SP)
Departamento de Neurocirurgia Endovascular
André Giacomelli Leal (PR)/ Leandro Pelegrino de Almeida (PR)
Departamento de Neurooncologia
Marcos Maldaum (SP)/Lórimer Sandoval Carneiro (GO)
Departamento de Cirurgia da Base do Crânio
Gustavo Isolan (RS) / Francisco de Assis Vaz Guimarães (PE)
Departamento de Coluna
Eloy Rusafa Neto (SP)/Marcus Vinícius Serra (SP)
Departamento de Neurocirurgia Funcional
Oswaldo Vilela Filho (GO)/Carlos Alexandre Martins Zicarelli (PR)
Departamento de Neurocirurgia Pediátrica
Sérgio Cavalheiro (SP)/Roberto Alexandre Dezena (MG)
Departamento de Neurotrauma
Wellingson Paiva (SP)/Gustavo Patriota (PB)
Departamento de Neurointensivismo
Jorge Luiz da Rocha Paranhos (MG)/Kélia Rejane Santiago Dias dos Anjos (MG)
Departamento de Hidrodinâmica
Carlos Tadeu Parisi de Oliveira (SP)/Patrick Mariano (SP)
Departamento de Residência e Ligas Acadêmicas
André Giacomelli Leal (PR)
Departamento de Mulheres na Neurocirurgia
Mariângela Barbi Gonçalves (RJ) /Ana Maria Ribeiro de Moura (SP)
Departamento de Nervos Periféricos
Francisco Flávio Leitão Filho (CE)/Marjeane Hockmuller (RS)